TFF Kulüp Lisans Kurulu, Ulusal Kulüp Lisans Sistemi kapsamında değerlendirmelerde bulunarak, yapılan incelemeler sonucunda en üst 3 lig olan Spor Toto Süper Lig, PTT 1. Lig ve Spor Toto 2. Lig'deki kulüplerin yapmış olduğu başvuruları, Hukuki, Sportif, Altyapı, Personel ve Mali Kriterlere göre inceledi. Yapılan incelemede Boluspor yine lisans alamadı.

İlk değerlendirmelerinde Kulüp Lisans Kurulu; Spor Toto Süper Lig'den Akhisar Belediye Gençlik ve Spor, Beşiktaş A.Ş., Bursaspor, Çaykur Rizespor A.Ş., Fenerbahçe A.Ş., Galatasaray A.Ş., İstanbul Başakşehir Futbol Kulübü A.Ş., Kasımpaşa A.Ş., Osmanlıspor Futbol Kulübü, Sivasspor ve Torku Konyaspor'a UEFA Lisansı;  PTT 1 . Lig'den Giresunspor,  Göztepe A.Ş. ve Kardemir Karabükspor, Spor Toto 2. Lig'den Fatih Karagümrük A.Ş., Fethiyespor, İnegölspor, Kırklarelispor ve Konya Anadolu Selçukspor kulüplerine Ulusal Lisans vermişti.

Kulüp Lisans Kurulu'nun bu toplantısında, Kulüp Lisans ve Finansal Fair Play Talimatı'nın ilgili maddesi uyarınca da Ulusal Kulüp Lisansı ile ilgili diğer kulüplere eksikliklerini tamamlamaları için 30 günlük ek süre vermişti.

Kurul, Ulusal Kulüp Lisansı ikinci aşama kararlarını vermek için 27 Haziran 2016 tarihinde toplandı. Buna göre; PTT 1.Lig'den  Altınordu A.Ş., Balıkesirspor, Gaziantep Büyükşehir Belediyespor ve Multigroup Alanyaspor; Spor Toto 2. Lig'den   Anadolu Üsküdar 1908 Spor, Ümraniyespor, Amed Sportif Faaliyetler, Gümüşhanespor, Hacettepespor, Hatayspor, İstanbulspor A.Ş., Keçiörengücü, Pendikspor ve Sarıyer  kulüpleri verilen süre içerisinde eksikliklerini tamamlayarak Ulusal Kulüp Lisansı aldılar.

Aynı toplantıda Kurul, kalan kulüplere ise eksikliklerin giderilmesi için Kulüp Lisans ve Mali Fair Play Talimatı'nın 25/1. maddesinde düzenlenen kriter ihlallerine uygulanacak yaptırımların belirlendiği Talimatın Ek.XI tablosu ilgili maddeleri uyarınca, para cezası ve ikinci bir 30 günlük ek süre verdi. 

Böylelikle, 2016-2017 sezonu için Lisans alan kulüp sayısı 33'e yükselmiş oldu.